این رویداد خاتمه یافته است و اطلاعات موجود در این سایت صرفا جنبه آرشیو دارد
بیست و یکمین کنگره ملی و نهمین کنگره بین‌المللی زیست‌شناسی ایران

21th National & 9th International Congress on Biology

:: کارگاه آموزشی متاژنومیکس


 
 
 

آنالیز داده‌های متاژنوم با استفاده از Galaxy
ارائه دهنده : دکتر محمد حسین نوروزی بیرامی
زمان برگزاری:‌ یکشنبه ۱۹ بهمن ساعت ۸ الی ۱۶:۳۰

"با توجه به قطعی شدن برگزاری رویداد، در منوی کارگاه‌ها در پنل کاربری، انتخاب و در منوی پرداخت هزینه نسبت به پرداخت هزینه آن اقدام شود."

ما در این کارگاه می‌خواهیم به‌صورت عملی و کاربردی و البته به‌صورت ساده فرایند تحلیل داده‌های متاژنوم و استخراج اطلاعات کاربردی از آنها را آموزش دهیم. مخاطب این دوره می‌تواند دانشجویان بیوانفورماتیک، زیست‌شناسی، ژنتیک، میکروبیولوژی، بیوتکنولوژی، پزشکی باشد. با توجه به اینکه داده‌ها و پردازش‌های مربوط به این حوزه بسیار حجم هستند، بنابراین نیاز به سخت‌افزار و نرم‌افزارهای مناسب دارد. وب سرویس‌های Galaxy، سرویس‌هایی هستند که به‌صورت رایگان خدمات سخت‌افزاری (پردازشی و ذخیره‌سازی) و همچنین نرم‌افزاری را در اختیار کاربران قرار می‌دهد. ما در این کارگاه از امکانات مربوط به این وب سرویس‌ها برای آنالیز داده‌های متاژنوم استفاده خواهیم کرد.

سرفصل‌های آموزشی تحلیل داده‌های متاژنوم با استفاده از Galaxy
- پیش‌پردازش داده‌های توالی یابی شده
  • بررسی و تبدیل داده‌ها به فرمت استاندارد
  • هرس داده‌ها و تبدیل داده‌ها به فرمت مناسب با استفاده از ابزار Trimmomatic
  • کنترل کیفی داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار FastQC
- بدست آوردن فراوانی باکتریایی داده‌ها
  • استفاده از نرم‌افزار Metaphaln2 برای مشخص کردن فراوانی باکتریایی موجود در هر نمونه
- استخراج اطلاعات بر اساس نگاشت توالی
  • معرفی کاتالوگ‌های ژنی مناسب
  • پیش پردازش اولیه بر روی کاتالوگ ژنی
  • نگاشت توالی‌های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم‌افزار Bowtie2 به کاتالوگ نوکلئوتیدی
  • استخراج اطلاعات بر اساس نرم‌افزارهای Samtools
  • نگاشت توالی‌های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم‌افزار Blast-NCBI به کاتالوگ‌های پروتئینی
- استخراج اطلاعات بر اساس اسمبلی توالی‌ها
  • معرفی نرم‌افزارهای اسمبلی توالی‌های متاژنوم
  • اسمبلی داده‌های متاژنوم با استفاده از نرم‌افزار Metavelvet و تولید کانتیگ‌های بزرگ‌تر
  • ‌ استفاده از نرم‌افزار مبتنی بر وب MetaGeneMark برای پیشگویی ژن‌های موجود در توالی‌ها
  • بدست آوردن توالی‌های نوکلئوتیدی و پروتئینی برای ژن‌های پیش گویی شده
  • حذف توالی‌های تکراری و تولید کاتالوگ ژنی مناسب با استفاده از نرم‌افزار CD-HIT
- استخراج اطلاعات تفسیر شده از پایگاه داده KEGG
  • استخراج گروه‌های ارتولوگ بر اساس توالی ژنی (KO)
  • استخراج گروه‌های آنزیمی بر اساس KOها
  • استخراج واکنش‌های مرتبط با آنزیم‌ها
نکات:
# کارگاه به‌صورت عملی هست.
# آشنایی اولیه با مفاهیم NGS و داده‌های آن الزامی است.
#کارگاه با استفاده از سرور Galaxy و به‌صورت آنلاین برگزار می‌شود.
# آشنایی اولیه با مفاهیم NGS و داده های آن مفید است.
# جهت کار عملی با ابزارها، به همراه داشتن لپ تاپ متصل به اینترنت پر سرعت الزامی می باشد.
# همچنین لطفا قبل از برگزاری کارگاه یک اکانت در این سایت ایجاد نمایید https://usegalaxy.org.
************************************************************************************************************
نام‌نویسی اولیه جهت حضور در این کارگاه رایگان خواهد بود. با توجه به قطعی شدن برگزاری رویداد، در منوی کارگاه‌ها در پنل کاربری، انتخاب و در منوی پرداخت هزینه نسبت به پرداخت هزینه آن اقدام شود.
 



نمایه شده در سیویلیکا

پوستر همایش

کنگره‌ها و کنفرانس‌های علوم زیستی

خبر ویژه: سمپوزیوم کووید-۱۹

سمپوزیم بین‌المللی مجازی تحت عنوان:

"رویکردهای زیست‌شناسی، پزشکی و علوم پایه به کووید-19"

International Virtual Symposium on the Biological, Clinical and Basic Science Approaches to Covid-19


در تاریخ ۲۲-۲۱ شهریور ۱۳۹۹ به میزبانی دانشگاه سمنان و با همکاری خانه زیست‌شناسی ایران با حضور سخنرانان برجسته ملی و بین‌المللی برگزار شده است.

اطلاعات بیشتر در وب‌سایت سمپوزیوم ارائه شده است (در اینجا کلیک کنید).
 

نمایه ISC


کد اختصاصی: ۲۲۰۸۲-۹۹۲۰۰

فایل های مورد نیاز

© کلیه حقوق این وب سایت محفوظ می باشد .
طراحی و پیاده سازی شده توسط : همایش نگار ( ویرایش 10.0.1)